Materijali s postavljenom mikrobnom barijerom moraju biti tako pakovani da osiguravaju potrebni nivo zaštite koji će sačuvati zadana svojstva i prilikom isporuke i skladištenja. Transportna pakovanja štite medicinske instrumente i pribor unutar sistema pakovanja protiv kontaminacije, vlage, oštećenja itd., tokom transporta i, ako je potrebno, za vreme skladištenja. Transportna pakovanja se postavljaju nakon sterilizacije.

To mogu biti, za prašinu nepropusni kontejneri koji se mogu zatvoriti, kartonske kutije, transportna kolica ili torbe. Sterilni se materijal mora ohladiti pre nego što se postavi u zatvoreno transportno pakovanje, jer se u suprotnom unutar pakovanja može kondenzovati voda. Transportna pakovanja se odvoze sistemom za distribuciju do korisnikovog magacina sterilnog materijala. Ako korisnik nema skladište, transportno pakovanje se ne uklanja do trenutka korišćenja.