Zaštitno pakovanje štiti mikrobnu barijeru i zajedno s njom čini sistem pakovanja. Zaštitno pakovanje je oblik pakovanja koje ima namenu sprečiti oštećenje mikrobne barijere kao i sadržaja paketa od vremena njegovog pakovanja do trenutka korišćenja. Spoljašnji sloj sistema mikrobne barijere takođe može služiti i kao zaštitno pakovanje.