Materijal koji je pripremljen za sterilizaciju je potrebno označiti datumom i vremenom sterilizacije. U zavisnosti od vrste materijala, bira se željeni program (koji određuje temperaturu, pritisak i vreme).  Komoru sterilizatora ne treba „pretrpavati“ sa materijalom, već u skladu sa kapacitetima komore (npr. ako je komora 8 j.s. – toliko maksimalno staviti jedinica sterilizacije). Nakon izvršene sterilizacije i hlađenja, parni sterilizator se otvara i prazni, a materijal se odlaže u prostor za sterilni materijal, i razvrstava se prema odeljenjima, ili vrsti materijala, ili vrsti setova, tj. u zavisnosti od organizacije zaposlenih u centralnoj sterilizaciji. Najbitnije je sterilne predmete složiti tako da se njihovi omoti ne gužvaju, savijaju, pritiskaju, tj. da se eventualno ne probuše. Oni se skladište na policama koje moraju biti 20-25cm iznad poda, 45-45cm ispod plafona, 15-20cm od zida. Osoba koja je zadužena za sterilan materijal, mora voditi računa o njegovoj distribuciji (dokumentovati).

Održavanje komore sterilizatora – sterilizacionu komoru je potrebno održavati prema preporuci proizvođača (dnevno ukoliko je moguće), uz upotrebu blagih deterdženata. Korišćenje jakih abrazivnih sredstava ili žičanih sunđera, može dovesti do ogrebotina komore i pospešivanja razvoja korozije. Kod radova u komori (čišćenje, održavanje) treba isključiti glavnu sklopku i ključem je osigurati protiv ponovnog uključivanja (u slučaju pada napona pa ponovnog dolaska može se sama uključiti, te je zato potrebno i zaključavanjem osigurati je).

Uočavanje nepravilnosti – ukoliko se uoče smetnje u toku programa, potrebno je aktivirati sklopku za zaustavljanje programa. Te nepravilnosti mogu biti neobični zvuci, izlazak pare, pokretanje pogrešnog programa i sl. Kada se uklone nepravilnosti, deaktivira se sklopka i program se dalje nastavlja, tj. ponovo počinje. Ukoliko je u pitanju prolazan tip parnih sterilizatora, radi otklanjanja kvara se otvaraju samo vrata na strani punjenja.

Uspešan ciklus sterilizacije nije garancija sterilnosti materijala. Naime, ukoliko je materijal koji se steriliše predhodno nedovoljno očišćen (npr. instrumenti koji se ručno peru – ostatci tkiva u zglobnim površinama) -sterilnost je pod znakom pitanja. Validacija je jedini metod provere efikasnosti svakog programa ciklusa sterilizacije. Loš kvalitet pare i propusnost u komori su stanja koja sterilizator ne registruje, te se moraju proveravati pomoću određenih testova.