U cilju smanjenja rizika, čišćenje koje se može izvršiti mašinski će tako i biti izvršeno. Kako je ručno čišenje najrizičniji zadatak u centralnoj sterilizaciji, kad god je to moguće čišćenje se obavlja mašinski. Ručno čišćenje se obavlja kada mašinsko čišćenje nije moguće.

Ručno čišćenje se može obaviti koristeći niz pomagala za čišćenje:

Širok spektar četaka je dostupan za ručno čišćenje, koje su pogodne za pojedine vrste čišćenja.

Spoljne četke –  pogodne su za čišćenje spoljnih površina predmeta. One mogu imati čvrstu ili mekanu dlaku.

Unutrašnje četke – za čišćenje šupljih instrumenata. Na raspolaganju je niz promera i dužina četaka za bilo koju vrstu/veličinu šupljih instrumenata i materijala. Nemojte koristiti čelične četke za čišćenje, jer oštećuju zaštitni sloj kod nerđajućeg čelika i aluminijumske instrumente.

Četke –  u svim oblicima i veličinama.

Sunđer ili peškir – osetljivi instrumenti kao što je optika, mogu se očistiti mekim sunđerom ili peškirom.

Sprej – je bitan za ispiranje/propiranje šupljih instrumenata. Različiti sprejevi su dostupni za niz specifičnih sredstava za čišćenje.

Ručni tuš – može se koristiti za početno ispiranje instrumenata. Koristiti duboku sudoperu kako bi se sprečilo prskanje okolo. Uveriti se da pritisak vode nije previsok kako bi se ograničilo prskanje. Koristite samo hladnu vodu za uklanjanje krvi! Zaštitite se noseći rukavice i masku ili koristite zaklon protiv prskanja. Pogledati odeljak lična zaštita.

Ispirač instrumenata – setovi instrumenata se potapaju u ispirač i tuširaju snažnim mlazom vode. Većina prljavštine i tkiva se na taj način ispere. Instrumenti sa kojih sve nečistoće nisu uklonjene, dodatno se čiste u ultrazvučnom čistaču ili se ručno čiste. Nakon toga oni se obično peru/dezinfikuju u mašini za pranje/dezinfekciju.